1998年，苏格兰的一位免疫学家普兹太在接受电视采访时声称，根据他的研究结果，转基因土豆能破坏老鼠的免疫系统，欧洲舆论因之大哗，这是欧盟限制转基因食物的导火线。在此之前，生物学界对转基因作物的危害性本无争议，这一“发现”也成为反转的始作俑者。不过，普兹太的实验很快被证明设计不严谨，缺乏空白对照。

　　1998年欧盟暂停批准新的转基因农产品上市，形成事实上的“转基因禁令”，更加深了公众心目中“转基因食品有问题”的印象。但此后欧盟政策不断调整，2007年以后，欧盟批准转基因作物的速度越来越快，目前已经批准了30个转基因作物品种，有7个国家。

　　1999年4月，查尔斯王子授权BBC发布了自己撰写的反转基因的文章，同时还在电视上说出了“决不吃任何含DNA的食物”的话，这一言论后来被当作笑谈。

　　1999年5月，美国康奈尔大学洛希实验室向英国《自然》杂志报告说，他们用沾有抗虫害转基因玉米花粉的草叶喂养大花蝶的幼虫，导致这些毛毛虫死亡。但他们的实验受到了同行质疑，并被检查出数据有误，《自然》杂志最后对论文撤稿。

　　1999年11月，英国政府开始进行大规模的科学试验，考察转基因作物对局部环境生物多样性的影响。简单地说，就是对农田杂草和虫子的影响。试验报告于2003年出炉，结果出乎人们意料：不是好的，也不是坏的，而是有好有坏的。

　　2002年6月，绿色和平组织在北京发布《转Bt基因抗虫棉环境影响研究的综合报告》，声称已证实中国种植的转基因棉对环境带来了明显的负面影响。这份报告的可靠性遭到了众多中国农业专家的质疑，但也成了中国国内“反转”的序曲。

　　2007年，维也纳大学的泽特克教授声称，发现喂了20周的转基因杂交玉米的小鼠产下的后代数量较少、体重较轻。这一结论立刻被绿色和平广泛传播，该消息传到中国后，被简单有力地翻译为“转基因玉米导致绝育”。不过，这一研究受到科学家及监管机构的质疑，并为此展开调查。2009年，包括欧洲食品安全局在内多家权威机构发表声明，指出泽特克教授等人的数据分析方法是错误的，其研究是无效的。

　　2010年，《国际先驱导报》发表报道，称山西地等出现动物异常现象，是因为吃了美国的“先玉335玉米”。该文引起消费者和农户的恐慌。此后，山西农业厅认定为“该报道所述的因果关系缺失科学依据”。农业部随后辟谣称，“先玉335”并未检出转基因成分。

　　2012年，绿色和平组织曝光美国塔夫茨大学汤光文等研究人员在不告知的情况下，利用湖南省衡南县的25名小学生进行黄金大米(一种转基因大米)的营养实验，引起轩然大波。12月6日，中国疾病预防控制中心发布调查通报称，黄金大米试验违反了相关规定、科研诚信。国家食品安全风险评估中心随后表示，“黄金大米本身不会对人体健康产生不良影响”。

　　2012年9月，媒体广泛报道法国卡昂大学研究者的一项报告，称喂食美国孟山都公司NK603转基因玉米的老鼠的寿命比正常老鼠短，并且前者长肿瘤的几率更高。欧洲食品安全局对此展开调查，并于12月份表示，卡昂大学研究人员实验结论不仅缺乏数据支持，而且相关实验的设计和方法都存在严重漏洞。